Pārbaudi VID amatpersonas uzsāk gan nodokļu maksātāju iepriekš informējot, gan neinformējot.
Pārbaudes laikā, ierodoties nodokļu maksātājam piederošās vai tā lietošanā esošās teritorijās vai telpās, kurās tiek veikta saimnieciskā darbība vai kuras ir saistītas ar ieņēmumu gūšanu citai juridiskajai vai fiziskajai personai, VID amatpersonas uzrāda dienesta apliecību un augstāka ierēdņa pilnvarojumu.
VID saziņa ar nodokļu maksātāju par pārbaudi (papildu dokumentu un paskaidrojumu pieprasīšana, informēšana par konstatētiem pārkāpumiem un nodokļu kontroles rezultātiem) notiek Elektroniskās deklarēšanas sistēmā.
Pārbaudes laikā, līdz nodokļu kontroles rēķina izdošanai vai lēmuma par nodokļu revīzijas (audita) rezultātiem pieņemšanai, nodokļu maksātājs var vienoties ar VID par administratīvi tiesisko attiecību noregulēšanu.
Saite uz sadaļu "Vienošanās līgums soda maksājumu samazināšanai"
Ja pārbaudē konstatē, ka nodokļu maksātājs pieļāvis maznozīmīgu pārkāpumu, VID, ievērojot principu “Konsultē vispirms”, lūdz to novērst un turpmākajā darbībā nepieļaut. Šādos gadījumos administratīvā pārkāpuma procesu neuzsāk. Ja pārbaudē konstatē administratīvo pārkāpumu, tai skaitā nodokļu nepilnīgu aprēķināšanu un nomaksu budžetā, VID amatpersona pieņem lēmumu par administratīvā pārkāpuma procesa uzsākšanu. Nodokļu maksātājam ir tiesības pārkāpumu novērst un iesniegt nodokļu deklarācijas labojumu vai precizējumu. Vadlīnijas par administratīvo sodu sankciju piemērošanas principiem Valsts ieņēmumu dienesta kompetencē esošo administratīvo pārkāpumu lietās.
Ja pārbaudē konstatē normatīvo aktu pārkāpumus, kas minēti likuma “Par nodokļiem un nodevām” 34.1 pantā, VID ir tiesības apturēt nodokļu maksātāja saimniecisko darbību. Informācija par saimnieciskās darbības apturēšanu.
Nodokļu pārbaudes veidi
VID var veikt vienu no diviem nodokļu administrācijas pārbaudes veidiem – nodokļu kontroli vai nodokļu auditu, vai arī veikt nodokļu aprēķinu pēc kriminālprocesa virzītāja pieprasījuma.