Muitas maksājumu parādu var noteikt 3 gadu laikā no tā rašanās dienas (piemēram, ja iesniegta muitas deklarācija par preču laišanu brīvā apgrozībā, parāds rodas deklarācijas iesniegšanas brīdī). Izņēmums: ja parāds radies tādas darbības rezultātā, par kuru laikā, kad tā veikta, varēja ierosināt krimināllietu, tad termiņu var pagarināt ne vairāk kā uz 5 gadiem (Muitas likuma 8.1 pants).
Veicot muitas deklarācijā deklarēto datu pārbaudi pēc preču izlaišanas un konstatējot neatbilstības muitas maksājumos, muitas iestāde ar rakstveida paziņojumu informē deklarētāju par konstatētajām neatbilstībām un aicina tās novērst 30 dienu laikā, iesniedzot Elektroniskajā muitas datu apstrādes sistēmā (EMDAS) pieteikumu ar precizētu muitas deklarācijas darba versiju, vienlaikus samaksājot valsts budžetā labojumu rezultātā papildus aprēķinātās muitas maksājumu un ar tiem saistītās nokavējuma naudas summas (likuma “Par nodokļiem un nodevām” 23. panta piektā daļa).
Pārbaude atbilst likuma “Par nodokļiem un nodevām” 1. panta 37. punktā definētajam terminam – nodokļu kontrole, kuras pārbaudes objekts ir viena vai vairākas konkrētas muitas deklarācijas.
Nodokļu kontrole neattiecas uz likuma “Par nodokļiem un nodevām” 1. panta 16. punkta terminu – nodokļu revīzija (audits), kuras ietvaros notiek plašāka nodokļu administrācijas pārbaude par konkrētu taksācijas periodu un kuras rezultātā nodokļu maksātājam saskaņā ar 32. pantu tiek noteikta arī soda nauda.
Automatizētas riska analīzes rezultātā deklarētājiem ar visaugstāko nodokļu nepilnīgas aprēķināšanas un maksāšanas risku vai citiem ar muitas jomu saistītiem augstiem riskiem, kas nav tieši saistīti ar muitas maksājumiem, veic muitas auditu.
Veicinot labprātīgu nodokļu nomaksu, līdz muitas audita uzsākšanai deklarētāji tiek aicināti novērst konstatētās neatbilstības muitas deklarācijās, iesniedzot EMDAS pieteikumu ar precizētu muitas deklarācijas darba versiju, vienlaikus samaksājot valsts budžetā labojumu rezultātā papildus aprēķinātās muitas maksājumu un ar tiem saistītās nokavējuma naudas summas.
Ja konstatētās neatbilstības netiek novērstas, tiek uzsākts muitas audits.
Muitas audits ir muitas kontroles veids, kuru uzsāk, lai pārliecinātos par muitas procedūras piemērošanas brīdī deklarēto ziņu atbilstību normatīvo aktu prasībām muitas vērtības, klasifikācijas, izcelsmes un muitas maksājumu piemērošanas jautājumos, kā arī par citiem ar muitas jomu saistītiem pārkāpumiem, ierobežojumiem, aizliegumiem, kas nav tieši saistīti ar muitas maksājumiem un atbilst likuma “Par nodokļiem un nodevām” 1. panta 16. punkta un 23. panta pirmās daļas nosacījumiem. Muitas audita pārbaudes objekts ir noteiktas muitas deklarācijas vai noteiktā laika periodā noformētas muitas deklarācijas.
Muitas iestāde paziņo par muitas audita uzsākšanu ar lēmumu par muitas audita veikšanu. Saņemot lēmumu par muitas audita veikšanu, deklarētājam ir tiesības līdz muitas audita uzsākšanas dienai iesniegt EMDAS pieteikumu ar precizētām pārbaudāmo muitas deklarāciju darba versijām, vienlaikus samaksājot valsts budžetā labojumu rezultātā papildus aprēķinātās muitas maksājumu, ar tiem saistītās nokavējuma naudas summas un soda naudu 5 procentu apmērā no samazinātās muitas maksājumu summas.
Ja deklarētājs līdz muitas audita uzsākšanas dienai iesniedz pieteikumu ar lūgumu labot muitas deklarācijas EMDAS un veic atbilstošus muitas maksājumus, novēršot konstatēto muitas maksājumu nenomaksas risku, muitas auditu neuzsāk un uzsākto administratīvo lietu izbeidz.
Muitas auditu pabeidz, pieņemot lēmumu par muitas audita rezultātiem, 90 dienu laikā no muitas audita uzsākšanas dienas, izņemot gadījumus, kad VID ģenerāldirektors pagarinājis lēmuma pieņemšanas termiņu atbilstoši likuma “Par nodokļiem un nodevām” 23. panta 3.1 daļai.
Deklarētājam ir tiesības ar Valsts ieņēmumu dienesta ģenerāldirektoru ierosināt slēgt vienošanās līgumu (likuma “Par nodokļiem un nodevām” 41. pants).
Ja vienošanās līgums tiek noslēgts līdz nodokļu kontroles rēķina izdošanai, deklarētājam atceļ 85 procentus no nokavējuma naudas pievienotās vērtības nodoklim un akcīzes nodoklim (izņemot muitas nodokli), kas aprēķināta par periodu no konkrētā nodokļa maksāšanas termiņa līdz nodokļu kontroles uzsākšanas dienai (likuma “Par nodokļiem un nodevām” 41. panta pirmā daļa un otrā daļa).
Ja deklarētājs noteiktajā termiņā muitas deklarāciju nav precizējis un neatbilstības nav novērsis vai nav ierosinājis noslēgt vienošanās līgumu, muitas iestāde nosaka muitas maksājumu parādu, kuru paziņo deklarētājam nodokļu kontroles rēķinā (likuma “Par nodokļiem un nodevām” 1. panta 38. punkts), nosakot termiņu parāda un ar to saistītās nokavējuma naudas samaksai.
Ja vienošanās līgums tiek noslēgts muitas auditā līdz lēmuma par muitas audita rezultātiem pieņemšanai, tad lēmumu par muitas audita rezultātiem nepieņem, bet informāciju par muitas auditā konstatēto ietver vienošanās līgumā, kā arī deklarētājam var piemērot likuma “Par nodokļiem un nodevām” 26.1 panta nosacījumus. Deklarētājam atceļ 60 procentus no nokavējuma naudas pievienotās vērtības nodoklim un akcīzes nodoklim (izņemot muitas nodokli), kas aprēķināta par periodu no konkrētā nodokļa maksāšanas termiņa iestāšanās līdz muitas audita uzsākšanas dienai, un soda naudas, kas uzlikta par nodokļu pārkāpumu, kura rezultātā ir samazināts budžetā iemaksājamā nodokļa apmērs (likuma “Par nodokļiem un nodevām” 41. panta pirmā daļa un trešā daļa).